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自己解決しました。
transactionManagerや@Transactional アノテーションを使わずに、
データソースをマスタとスレイブ用に2個用意して、mybatisのSqlSessionFactoryBean、MapperScannerConfigurer もマスタ用とスレイブ用2種類用意して、
バッチプログラム側からどちらかを参照させるようにしました。

自己解決しました。
transactionManagerや@Transactional アノテーションを使わずに、
データソースをマスタとスレイブ用に2個用意して、mybatisのSqlSessionFactoryBean、MapperScannerConfigurer もマスタ用とスレイブ用2種類用意して、
バッチプログラム側からどちらかを参照させるようにしました。