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gitで管理しているファイルをFTPソフトで上書きされた場合

Mac OS10.6でgitを使用しています。
レンタルサーバーの非公開領域にリモートレポジトリを設置し、ローカルレポジトリからpushした場合、自動的に.git/hooks/post-updateを使用して、www以下の公開領域の特定ディレクトリにpullされる仕組みにしております。

その公開領域のディレクトリに反映されたファイルをFTPでダウンロード・更新・アップロードされた場合、
ローカルレポジトリからpushするとerrorがでるようになりました。

emote: error: Your local changes to the following files would be overwritten by merge:
remote: ファイル名
remote: Please, commit your changes or stash them before you can merge.
remote: Aborting

理由は、公開領域のgitが管理していない変更点があったためと推測しますが、
FTPで上書きされた内容と、ローカルで更新された内容をマージする方法はありますでしょうか?

gitが使えるWEB開発者とgitが使えないクライアントが共有でWEBサイトのバージョン管理をできる環境を模索しているので、
上記のようなケースの対処法を考えております。

どうぞよろしくお願い致します。

Mac OS10.6でgitを使用しています。
レンタルサーバーの非公開領域にリモートレポジトリを設置し、ローカルレポジトリからpushした場合、自動的に.git/hooks/post-updateを使用して、www以下の公開領域の特定ディレクトリにpullされる仕組みにしております。

その公開領域のディレクトリに反映されたファイルをFTPでダウンロード・更新・アップロードされた場合、
ローカルレポジトリからpushするとerrorがでるようになりました。

emote: error: Your local changes to the following files would be overwritten by merge:
remote: 	ファイル名
remote: Please, commit your changes or stash them before you can merge.
remote: Aborting

理由は、公開領域のgitが管理していない変更点があったためと推測しますが、
FTPで上書きされた内容と、ローカルで更新された内容をマージする方法はありますでしょうか?

gitが使えるWEB開発者とgitが使えないクライアントが共有でWEBサイトのバージョン管理をできる環境を模索しているので、
上記のようなケースの対処法を考えております。

どうぞよろしくお願い致します。