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一般的にJava用Webアプリケーションを設置できるレンタルサーバーは少ないです。
提示されたWindowsレンタルサーバーであっても「JAVAレンタルサーバー http://java.1strentalserver.com/ 」 のように 1つのプランになってしまうほど特殊です(ただしjavaプランはLinuxOSですし、WindowsサーバーはCGI・PHP,ASP,ASP.NETのみのようです。)。

現在はサーバーのほぼすべてを自由にコントロールできる VPSがありますのでサーバー設定に関する知識(最低限他の人のブログを読んで応用できる力)があれば設置は可能です。(もうちょっと前だとほとんど自分でサーバー立てるしかなかったように思いますね。)
仮に禁止されているサーバーで無理に動かせてしまった場合は alice-asahina さんの言うように規約違反となるでしょう。

以前の質問 (http://qa.atmarkit.co.jp/q/3178) でまずは仮想マシンで行うことを進めたのは、提示されている計画が、VPS(Linux OS)に Apache + Tomcat + MySQL を構築してそこにデプロイ(配置)するものだったためです。
失礼ながらあまりLinuxの構築には長けていないと思いましたので費用のかからない仮想マシンを勧めました。正直VMware上でとりあえずでも動かせるようにできなければVPSでも同じことがおこります。(多少は違いはありますが。)
加えて仮想マシンであれば手元にありインターネットの影響を基本的に受けずに良くも悪くもすべてコントロールできますので、プロバイダやレンタルサーバーの都合に左右されにくいです(もちろん最終的にドメインをつかって公開したいならサーバー借りるなどする必要がありますが)。

Windows OSのVPSも探せばあるみたいですのでWindowsが良ければそちらを目指した方が良いでしょう (FC2にも有料ですがあるみたいですね http://fc2-vps.com/service_win.html#plan )。
Windowsサーバーも日数限定の評価体験版が存在しますので、日にちに限りはあるものの仮想マシンで練習することもできます。サーバーがWindowsであっても仮想マシンでうまくできないならVPSでも失敗するだろうと思うのは同じです(Windows ServerだとIEのセキュリティ設定でつまづくかもしれませんが)。


いくつか誤解というか認識不足の点を指摘しておきます。
端的に説明しますので厳密に言うと間違いな部分もありますが掘り下げるのは自分で調べてください。

TomcatがEclipseで開発するサーバーで、ApacheがそれをアップするWEBサーバーということさえもしりませんでした

違います。
TomcatとEclipseはそれぞれ独立したソフトウェアです。

Apacheは単にWebサーバーです。しかしJavaアプリケーションを動かす力はありません。
TomcatはJavaアプリケーションを動かすアプリケーションサーバーです。簡単なWebサーバー機能も備えていますがApacheにはかないません。
この二つの得意分野を組み合わせてWeb+APサーバーとしているだけです。
特にTomcatはJavaアプリケーションサーバーとして有名だったのでEclipseから簡単に開発できるようになっているだけです。

いまいちlinuxの使い方で手間取り一向に先に進まず、 (略)
Windows上でApacheをWEBサーバーにして動かせれば、CentOS(Ret Hat)6.4での操作の意味も理解できるかと思ってやってます

この二つがあなたが今ぶち当たっている問題です。
Windows上でApacheをWEBサーバーにして動かせれば(動かせればではなく、設定の意味がわかれば)
『ApacheをWEBサーバーにしてTomcat上のWebアプリケーションを動かす』の意味の理解に 一歩近づけます 。しかしCentOSというかLinuxでの操作とは何の関係もありませんそれはそれとしてLinuxの使い方は知らないといけません。
たとえば提示された設定ファイルにはWindows形式のパス(C:\~)が書かれています。これはLinuxの設定ファイルとしてはあり得ないことです。これがあり得ないとわかるのはLinuxの基本的な使い方を知っているかどうかです。

やはりWindows上でAapcheとTomcatを連携させてインターネットにアップロードするのは無理があるようです

「そのまま」アップロードするのは無理です。環境が違うからです。
しかしWindows上でためしたことが全部無駄になるかと言えばそんなこともありません。応用でできる範囲だと思います。しかし応用しようにもLinux触ったことがなければ応用しようがありません。
(理由によらず) Linuxを学びたくないのであればWindowsのVPSを探してWindowsサーバーにアップロードするほうが学習コストは減ると思います。しかしWindowsであってもサーバーOSは多少違いがありますので仮想マシンで練習した方がいいと思うのは変わりません。

やはり仮想マシンでアップするのが無難なのでしょうか・・・。

無難かどうかじゃなくて練習を手元でやりなさいという事です。
レンタルサーバーは借り物です。変な設定で負荷がかかれば他の人にも迷惑がかかります。
セキュアでないサーバーなら踏み台にされて知らずに攻撃者になっているかもしれません。
自分のやっていることが全然分からないままにすると知らずにそういう事になりかねませんよ。VPSならなおさらです。

一般的にJava用Webアプリケーションを設置できるレンタルサーバーは少ないです。
提示されたWindowsレンタルサーバーであっても「[JAVAレンタルサーバー](http://java.1strentalserver.com/) <http://java.1strentalserver.com/> 」 のように 1つのプランになってしまうほど特殊です(ただしjavaプランはLinuxOSですし、WindowsサーバーはCGI・PHP,ASP,ASP.NETのみのようです。)。

現在はサーバーのほぼすべてを自由にコントロールできる VPSがありますのでサーバー設定に関する知識(最低限他の人のブログを読んで応用できる力)があれば設置は可能です。(もうちょっと前だとほとんど自分でサーバー立てるしかなかったように思いますね。)
仮に禁止されているサーバーで無理に動かせてしまった場合は alice-asahina さんの言うように規約違反となるでしょう。

以前の質問 (http://qa.atmarkit.co.jp/q/3178) でまずは仮想マシンで行うことを進めたのは、提示されている計画が、VPS(Linux OS)に Apache + Tomcat + MySQL を構築してそこにデプロイ(配置)するものだったためです。
失礼ながらあまりLinuxの構築には長けていないと思いましたので費用のかからない仮想マシンを勧めました。正直VMware上でとりあえずでも動かせるようにできなければVPSでも同じことがおこります。(多少は違いはありますが。)
加えて仮想マシンであれば手元にありインターネットの影響を基本的に受けずに良くも悪くもすべてコントロールできますので、プロバイダやレンタルサーバーの都合に左右されにくいです(もちろん最終的にドメインをつかって公開したいならサーバー借りるなどする必要がありますが)。

Windows OSのVPSも探せばあるみたいですのでWindowsが良ければそちらを目指した方が良いでしょう (FC2にも有料ですがあるみたいですね http://fc2-vps.com/service_win.html#plan )。
Windowsサーバーも日数限定の評価体験版が存在しますので、日にちに限りはあるものの仮想マシンで練習することもできます。サーバーがWindowsであっても仮想マシンでうまくできないならVPSでも失敗するだろうと思うのは同じです(Windows ServerだとIEのセキュリティ設定でつまづくかもしれませんが)。

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いくつか誤解というか認識不足の点を指摘しておきます。
端的に説明しますので厳密に言うと間違いな部分もありますが掘り下げるのは自分で調べてください。

> TomcatがEclipseで開発するサーバーで、ApacheがそれをアップするWEBサーバーということさえもしりませんでした

違います。
TomcatとEclipseはそれぞれ独立したソフトウェアです。

Apacheは単にWebサーバーです。しかしJavaアプリケーションを動かす力はありません。
TomcatはJavaアプリケーションを動かすアプリケーションサーバーです。簡単なWebサーバー機能も備えていますがApacheにはかないません。
この二つの得意分野を組み合わせてWeb+APサーバーとしているだけです。
特にTomcatはJavaアプリケーションサーバーとして有名だったのでEclipseから簡単に開発できるようになっているだけです。


> いまいちlinuxの使い方で手間取り一向に先に進まず、 (略)
> Windows上でApacheをWEBサーバーにして動かせれば、CentOS(Ret Hat)6.4での操作の意味も理解できるかと思ってやってます

この二つがあなたが今ぶち当たっている問題です。
Windows上でApacheをWEBサーバーにして動かせれば(動かせればではなく、設定の意味がわかれば)
『ApacheをWEBサーバーにしてTomcat上のWebアプリケーションを動かす』の意味の理解に **一歩近づけます** 。しかしCentOSというかLinuxでの操作とは何の関係もありませんそれはそれとしてLinuxの使い方は知らないといけません。
たとえば提示された設定ファイルにはWindows形式のパス(C:\~)が書かれています。これはLinuxの設定ファイルとしてはあり得ないことです。これがあり得ないとわかるのはLinuxの基本的な使い方を知っているかどうかです。

> やはりWindows上でAapcheとTomcatを連携させてインターネットにアップロードするのは無理があるようです

「そのまま」アップロードするのは無理です。環境が違うからです。
しかしWindows上でためしたことが全部無駄になるかと言えばそんなこともありません。応用でできる範囲だと思います。しかし応用しようにもLinux触ったことがなければ応用しようがありません。
(理由によらず) Linuxを学びたくないのであればWindowsのVPSを探してWindowsサーバーにアップロードするほうが学習コストは減ると思います。しかしWindowsであってもサーバーOSは多少違いがありますので仮想マシンで練習した方がいいと思うのは変わりません。

> やはり仮想マシンでアップするのが無難なのでしょうか・・・。

無難かどうかじゃなくて練習を手元でやりなさいという事です。
レンタルサーバーは借り物です。変な設定で負荷がかかれば他の人にも迷惑がかかります。
セキュアでないサーバーなら踏み台にされて知らずに攻撃者になっているかもしれません。
自分のやっていることが全然分からないままにすると知らずにそういう事になりかねませんよ。VPSならなおさらです。