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PHPタグ内のコードが先に解釈される ため「JavaScriptの値をPHPに渡す」ということはできません。
やりたいことが単純に$aの配列に入った値をアラート表示したいということであれば

var j = 2;
var str = new Array;
for(var i=0;i<j;i++){
    str[i] = <?php echo $a[i]; ?>;
    alert(str[i]);
}

この部分を以下のように変更すればよいのではないでしょうか。

<?php
foreach ($a as $value){
    echo "alert('$value');";
}
?>
**PHPタグ内のコードが先に解釈される** ため「JavaScriptの値をPHPに渡す」ということはできません。
やりたいことが単純に$aの配列に入った値をアラート表示したいということであれば

```javascript
var j = 2;
var str = new Array;
for(var i=0;i<j;i++){
    str[i] = <?php echo $a[i]; ?>;
    alert(str[i]);
}
```
この部分を以下のように変更すればよいのではないでしょうか。

```php
<?php
foreach ($a as $value){
    echo "alert('$value');";
}
?>
```