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DOMの操作っていうのは、ツリーのように扱いたいってことでしょうか?
SAXで読込み時に自作するのがいいとは思うのですが。。。
DOMはメモリ喰いますよ。

そもそもの原因を見落としてました。
エラーの内容が、存在しない配列にアクセスしたときのものですね。
配列の数を確認してみてください。

DOMの操作っていうのは、ツリーのように扱いたいってことでしょうか?
SAXで読込み時に自作するのがいいとは思うのですが。。。
DOMはメモリ喰いますよ。

そもそもの原因を見落としてました。
エラーの内容が、存在しない配列にアクセスしたときのものですね。
配列の数を確認してみてください。