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文章の冒頭で
「ドメインAの端末のDNS指定はもちろんドメインコントローラですが、」
とありますが、あなたの会社、環境では「もちろん」そうかもしれませんが、唯一絶対の解など
情報システムの分野ではありえないと思いますので、「もちろん」とは書かないほうがよいと思います。

あと、少なくとも、使用されているソフトウェアのバージョンを伝えるべきだと思います。
当方でもSquidは使用していますが、以下の内容を省略されては指摘できないです。

・Linuxのディストリビューション、およびバージョン(例:CentOS 5.8)
・Squidのバージョン
・Squid.confの内容

>このようなケースでは、接続によってはresolvに記載された、
>どちらに問合せに行くか不定な為、発生していたと考えられるのでしょうか?

manコマンドぐらい使いましょう。もしくはGoogleで「man resolv.conf」と検索しましょう。

はじめにネームサーバに問い合わせを試みる。 この問い合わせがタイムアウトになった場合、 次のネームサーバに問い合わせを試みる。これをネームサーバがなくなるまで続ける。 それでも応答がない場合は、リトライ最大回数に達するまで 全てのネームサーバに問い合わせを繰り返す。

と書いています。そのため、記載しておられる情報だけでは「このようなケースでは、・・・」とは断定できないと思います。

文章の冒頭で
「ドメインAの端末のDNS指定はもちろんドメインコントローラですが、」
とありますが、あなたの会社、環境では「もちろん」そうかもしれませんが、唯一絶対の解など
情報システムの分野ではありえないと思いますので、「もちろん」とは書かないほうがよいと思います。

あと、少なくとも、使用されているソフトウェアのバージョンを伝えるべきだと思います。
当方でもSquidは使用していますが、以下の内容を省略されては指摘できないです。

・Linuxのディストリビューション、およびバージョン(例:CentOS 5.8)
・Squidのバージョン
・Squid.confの内容

>このようなケースでは、接続によってはresolvに記載された、
>どちらに問合せに行くか不定な為、発生していたと考えられるのでしょうか?

manコマンドぐらい使いましょう。もしくはGoogleで「man resolv.conf」と検索しましょう。

はじめにネームサーバに問い合わせを試みる。 この問い合わせがタイムアウトになった場合、 次のネームサーバに問い合わせを試みる。これをネームサーバがなくなるまで続ける。 それでも応答がない場合は、リトライ最大回数に達するまで 全てのネームサーバに問い合わせを繰り返す。

と書いています。そのため、記載しておられる情報だけでは「このようなケースでは、・・・」とは断定できないと思います。