passenger の passenger_pool_idle_time(apache なら PassengerPoolIdleTime)を 0 にすると、本当に必要になったとき以外はインスタンスをシャットダウンしないとドキュメントに記載があります。シャットダウンする例として、「inactive なインスタンスを他のアプリケーションのインスタンスに移し替える」という記載がありますが、その他にインスタンスをシャットダウンするケースはあるでしょうか。
もし、特にシャットダウンすることなく長時間経過した場合、メモリの使用量がメモリリーク等の要因で大きくなりすぎるのではないかと心配しています。