RailsでマスタデータをDBに登録したい

個人的な用途や使い分けになってしまいますが、基本的にそのアプリの初期状態として必要なデータはseeds.rbで入れています。

テスト用のデータはFixtureやFactoryGirlなどを使用し、動作確認の為の開発時での一時的なデータなどは、seeds.rbにRails.env.development?などで環境ごとに記述を分けて登録したりしています。

注意点は、seeds.rbで多重実行の制御を自分で考えなければならない、という事ぐらいでしょうか。
FixtureとFactoryGirlは、チーム内やプロジェクト内でどういう時にどちらを使う、またはどちらか一方のみを使う、などの方針はあらかじめ決めて置いた方が良いとは思います。
(方針無く混在しているプロジェクトがあって、テストコードを書く際に混乱した事があるので。。)

migrationにデータを扱わせるのは良くないのかな、という感じがするので、私はあまりmigrationでデータを登録するという事はしないです。
(そこを分離する為にseeds.rbがある、と認識しています。)

seeds.rbを使ってます。

「その場合、運用途中でマスタデータを追加・更新・削除したい場合はどうするのでしょうか？」については、削除はしたことないですし、今後もしないでしょう（マスタなので。状態変更で削除状態にして対応します）。追加、更新は普通に行なっています。

自分もマスタデータの登録はseeds.rbでやっています。
あくまでマスタデータなので何度実行しても整合性が取れるように
実行前にデータを消すようにしています。

migrationはDBの定義を構成するものなので
データの登録には使用していません。

開発時に必要となる（チーム内で共有した方が開発が楽になりそうなデータ登録）ものは
rake taskとして登録するようにしています。